تسعى مؤسسة المجلس العلمي الأعلى إلى ضمان الأمن الروحي للمغاربة، وحراسة الثوابت الدينية للأمة والمتمثلة في: العقيدة الأشعرية، والمذهب المالكي، والتصوف السني
وتعمل من خلال المجالس العلمية المحلية على تنشيط الحياة الدينية وفق برامج محددة ومتكاملة، ولهذه الغاية حدد ظهير أبريل 2004 لهذه المؤسسة معالم نشاطها، منها على سبيل المثال:
- دراسة القضايا التي يعرضها عليها رئيسها، جلالة الملك أعز الله أمره؛
- إعداد برنامج عمل سنوي يتضمن الأنشطة المقترح القيام بها من قبل المجالس العلمية المحلية؛
- الإشراف على عمل المجالس العلمية المحلية، وتنسيق أنشطتها، وإصدار التوجيهات والتوصيات الرامية إلى ترشيد سيرها وتفعيل دورها في تأطير الحياة الدينية؛
- إقامة علاقات تعاون علمي مع الهيئات والمنظمات الإسلامية ذات الاهتمام المشترك.