تضم وزارة الأوقاف والشؤون الإسلامية المديريات الخمس التالية : مديرية الأوقاف، مديرية الشؤون الإسلامية، مديرية الدراسات والشؤون العامة،مديرية المساجد ومديرية التعليم العتيق.
تشمل مديرية الأوقاف على الأقسام التالية:
- قسم تسيير الأملاك الوقفية
- قسم الاستثمارات العقارية
- قسم المحافظة على الأصول الوقفية
- قسم المنازعات الوقفية
- قسم الشؤون المالية
تشمل مديرية الشؤون الإسلامية على الأقسام التالية:
- قسم الدراسات الإسلامية
- قسم المكتبات والأنشطة الثقافية
- قسم الحج والشؤون الإجتماعية
- قسم التوعية الدينية.
تشمل مديرية الدراسات والشؤون العامة على الأقسام التالية:
- قسم الموارد البشرية
- قسم الميزانية والمحاسبة
- قسم نظم المعلومات
- قسم التشريع
- قسم التعاون والشؤون العامة
تشمل مديرية المساجد على الأقسام التالية:
تشمل مديرية التعليم العتيق على الأقسام التالية:
- قسم التخطيط والإحصاء
- قسم بناء وتجهيز مؤسسات التعليم العتيق
- قسم الشؤون التربوية
- قسم تسيير مؤسسات التعليم العتيق
- قسم محو الأمية
وكل قسم من الأقسام السالفة يتألف من عدد من المصالح .
