تشتمل مديرية الأوقاف على الأقسام والمصالح التالية:
قسم البناء والاستثمار
- مصلحة الدراسات
- مصلحة البرمجة
- مصلحة تنفيذ المشاريع
- مصلحة الاستثمارات الوقفية
- مصلحة التدبير المالي للمشاريع
قسم المحافظة على الأصول الوقفية
- مصلحة المحافظة على الأملاك
- مصلحة المعاملات العقارية للأوقاف
- مصلحة الأحباس المعقبة وأحباس الزوايا والأضرحة
- مصلحة نظم المعلومات والتوثيق
قسم تسيير الأملاك الوقفية
- مصلحة تسيير الأملاك الفلاحية
- مصلحة تسيير الأملاك الحضرية
- مصلحة تدبير ومراقبة الاستغلال
قسم الشؤون المالية
- مصلحة الدراسات والتوقعات
- مصلحة الميزانية
- مصلحة أداء الرواتب والأجور
- مصلحة المحاسبة
قسم المنازعات الوقفية
- مصلحة المنازعات المدنية
- مصلحة المنازعات العقارية
- مصلحة المنازعات الإدارية
- مصلحة التنفيذ
