تشتمل مديرية الشؤون الإسلامية على الأقسام والمصالح التالية:
قسم الأنشطة الثقافية الذي يتألف من:
- مصلحة المكتبات والمتاحف والعمل الثقافي
- مصلحة مراكز التوثيق والأنشطة الثقافية
- مصلحة البرمجة والتنسيق والتقييم
قسم الدراسات الإسلامية الذي يتألف من:
- مصلحة الدراسات
- مصلحة إحياء التراث الإسلامي
- مصلحة تنظيم المسابقات
قسم الحج الذي يتألف من:
- مصلحة تنظيم الحج
- مصلحة تأطير الحجاج ومراقبة الأهلة
- مصلحة الشؤون المالية
قسم التوعية الدينية الذي يتألف من:
- مصلحة الأنشطة الدينية
- مصلحة التأطير الديني للجالية المغربية بالخارج
- مصلحة تتبع أنشطة الزوايا والأضرحة.
