يضطلع معهد محمد السادس لتكوين الأئمة المرشدين والمرشدات بالمهام التالية:
- تكوين الأئمة المرشدين والمرشدات في مجال الإمامة والإرشاد وتمكينهم من المناهج والمعارف التي تؤهلهم للقيام بالمهام الموكولة إليهم؛
- تكوين وتأهيل واستكمال تكوين القيمين الدينيين الأجانب؛
- تنظيم دورات للتكوين المستمر في مجال اختصاصه؛
- تنظيم أطوار دراسية وندوات وتداريب لاستكمال خبرة الأئمة المرشدين والمرشدات؛
- القيام بالأبحاث الرامية إلى تطوير أداء الأئمة المرشدين والمرشدات.
