تم تحويل مقر مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة إلى مدينة فاس بالمملكة المغربية بدل مدينة الرباط، بموجب الظهير الشريف رقم 1.16.81 الصادر في 16 رمضان 1437(22 يونيو 2016) المنشور بالجريدة الرسمية عدد 6513 بتاريخ 31 أكتوبر 2016.
وقد جاء هذا الظهير الأخير ليعدل المادة الثانية من ظهير التأسيس رقم 1.15.75 الصادر في 7 رمضان 1436 (24 يونيو 2015).
الظهير الشريف1.16.81 بتحويل مقر مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة إلى مدينة فاس
