تشتمل مديرية تدبير شؤون القيمين الدينيين على الأقسام والمصالح الآتية:
قسم التسيير الذي يتألف من:
- مصلحة القيمين الدينيين المتعاقدين
- مصلحةٍ القيمين الدينيين المكلفين
- مصلحة نهاية المهام
- مصلحة الإحصاء والتقييم
قسم التكوين والتعاون الذي يتألف من:
- مصلحة التكوين
- مصلحة التأهيل
- مصلحة التعاون والتواصل
قسم الميزانية الذي يتألف من:
- مصلحة الميزانية
- مصلحة تدبير المكافآت
- مصلحة التغطية الصحية
