تطرقت الدورات المتتالية لجائزة محمد السادس للفكر والدراسات الإسلامية لمجموعة من المواضيع تهم الفكر الإسلامي بصفة عامة.
فيما يلي قائمة بالمواضيع التي طُرِحت للكتابة في هذه الجائزة منذ إحداثها:
- دور الاجتهاد في التطور والتجديد وإيجاد الحلول لقضايا العصر: أوضاع المسلمين في بلاد المهجر نموذجا.
- أسلوب الحوار في القرآن الكريم: موضوعاته وخصائصه الإعجازية.
- الإسلام والتنمية تنظيرا وممارسة.
- تجديد الخطاب الديني: الآليات والضوابط.
- منظور الإسلام إلى المحافظة على البيئة.
- مساهمة الإسلام في بناء السلام وتعزيز قواعد سلطان القانون الدولي العام.
- الوحدة الإسلامية بين الضرورة الدينية والحضارية وبين العوائق المذهبية.
- قضية قراءة النص القرآني.
