أصدر أمير المؤمنين جلالة الملك محمد السادس نصره الله أمره الشريف، بإحداث "جائزة محمد السادس للفكر والدراسات الإسلامية" بمقتضى الظهير الشريف رقم 1.01.129 المؤرخ في 29 ربيع الأول 1422 الموافق لـ22 يونيو2001.
كما عاد وأصدر أمير المؤمنين حفظه الله بتاريخ 30 شوال 1427 الموافق لـ22 نونبر2006، أمره الشريف بإعادة تنظيم هذه الجائزة بمقتضى الظهير الشريف رقم 1.06.167.
