حددت المادة 13 من الظهير الشريف الذي أعاد تنظيم جائزة محمد السادس للفكر والدراسات الإسلامية القيمة الممنوحة في هذه الجائزة وذلك بالنص التالي:
يمنح الفائز في كل من صنفي جائزة محمد السادس للفكر والدراسات الإسلامية المنصوص عليهما في المادة الثانية أعلاه مبلغ مائتي ألف درهم(200.000) درهم مع شارة تذكارية وشهادة تنويهية .
ويمكن للجنة منح الجائزة مناصفة بين مرشحين والاحتفاظ بصنف جائزة محمد السادس للدراسات الإسلامية إذا لم تقتنع بالقيمة العلمية للأعمال المرشحة
